Tatsächlich hatte Karl sein Machtgebiet im ehemaligen weströmischen Reich schon Jahre davor unter Kontrolle gebracht und auch der Kurs der Kirche im Abendland wurde von ihm bestimmt.
794 hatte Karl nach Vorbild der oströmischen Synode in Frankfurt eine allgemeine Synode veranstaltet. Unter seinem Präsidium wurde über das theologische Verhältnis zwischen Gott-Vater und Gott-Sohn disputiert sowie über die Bildverehrung.
Karl schwebte eine enge Verbindung von Staat und Kirche vor, eine Art «Gottesstaat». Sich selbst bezeichnete er als den «neuen David», einen von Gott erwählten König. Seiner Zeit und seinem Machtverständnis entsprechend zwang er allen Gebieten, die er unter seine Herrschaft brachte, das Christentum auf.
Er gestaltete eine Reichskirche, in der auch die kirchlichen Gesetze dem König unterstanden. Karl gründete unter anderem die Bistümer Bremen, Münster, Paderborn und Osnabrück. Er sicherte der Kirche feste Einkünfte, ernannte alle Bischöfe, sorgte für die Ausbildung des Klerus, erliess eine Gottesdienstordnung und ordnete den regelmässigen Kirchenbesuch als «Christenpflicht» an. Für seine Reichskirche setzte er sich, wo es ihm notwendig erschien, auch über bestehendes römisches Kirchenrecht hinweg.