Ignatius von Loyola (1491–1556) ging dafür allerdings nicht in Opposition zum Papst. Als die Gesellschaft Jesu 1540 von Paul III. offiziell anerkannt wurde, verpflichteten sich die Ordensmänner neben den üblichen Gelübden zu Armut, Ehelosigkeit und Gehorsam auch auf den besonderen Gehorsam dem Papsttum gegenüber.
Tatsächlich wurden die Jesuiten zu wichtigen Protagonisten der Gegenreformation. Dabei ging es nicht nur darum, sich den Reformierten entgegenzustellen, es ging tatsächlich auch um Erneuerung. Viele Anliegen der Reformatoren wurden deshalb von der Gegenreformation aufgenommen und bearbeitet.
Bemerkenswert war, dass die Jesuiten nicht nur Gehorsam und straffe Führung betonten, sondern gleichzeitig auch persönliche Flexibilität und Unabhängigkeit förderten. Der Orden gründete keine Klöster mit Klausuren. Die Ordensmitglieder wurden auch nicht zur «stabilitas loci» verpflichtet, dem Leben am Ort ihres Eintritts.
Herausragendes Beispiel für die Dynamik des schnell wachsenden Ordens war Francisco de Xavier (1506–1552). Er gehörte zum engsten Freundeskreis von Ignatius und war mit ihm Mitbegründer des Ordens. Als Missionar verbreitete Franz-Xaver das Christentum bis nach China.