Der Zwiespalt des Konzils von Trient zeigt sich bereits in seiner Vorbereitung. Der deutsche Kaiser Karl V. wollte vor allem ein Reformkonzil, damit in seinem Reich endlich Ruhe einkehren würde. Für Papst Paul III. war die Verurteilung der protestantischen Theologie das wichtigste Anliegen.
Diese Spannung wird noch heute in der Rückschau auf das Konzil sichtbar, das in drei Tagungsperioden und insgesamt 25 Sitzungen abgehalten wurde. Etliche Forderungen der Reformatoren wurden zwar aufgenommen und später auch umgesetzt. Zum anderen wurde die Trennung zwischen der katholischen Kirche und den protestantischen Kirchen aber weiter zementiert.
Geradezu visionär war der Entscheid, die Fragen nach der Lehre – das Anliegen des Papstes – und die Fragen nach der Kirchenreform – das Anliegen des Kaisers – gleichzeitig zu diskutieren. Die Konzilsväter erkannten, dass man Theologie und Struktur nicht unabhängig voneinander behandeln konnte.
Am Konzil selbst wurde zwar erstaunlich wenig entschieden, aber sein Nachhall reicht bis in die Gegenwart. Damals wurde beispielsweise das Bischofsamt reformiert, die Errichtung von Priesterseminaren beschlossen, die Trennung zum Hochaltar aufgehoben oder die Bedeutung der Predigt gestärkt. Es entstanden in der Folge der Katechismus, eine Vereinheitlichung der Liturgie und ein Verzeichnis verbotener Bücher.
Eine der letzten, direkt mit dem Konzil von Trient verknüpften Entscheidungen war 1999 eine gemeinsame Erklärung zur Rechtfertigungslehre, die zusammen mit dem Lutherischen Weltbund beschlossen wurde.