Kaiser Karl V. (1500–1558) wollte sein riesiges Reich unbedingt katholisch halten – aber die Lage in Deutschland gehörte dennoch nicht zu seinen obersten Prioritäten. Wirklich hart griff er nicht durch, 1532 schloss er mit den evangelischen Ständen gar einen Waffenstillstand.
1546 kam es aber dennoch zum Schmalkaldischen Krieg – nach dem Bündnis der evangelischen Stände benannt. Er endete mit einer Niederlage der Protestanten. Aber dieser Sieg machte die Ergebnisse der Reformation nicht rückgängig. Der Kaiser musste gar die Duldung der Protestanten bis zum nächsten Reichstag 1555 in Augsburg hinnehmen.
Auf diesem wurde der «Augsburger Friede» geschlossen. Die evangelischen Stände wurden anerkannt. Die Fürsten – ob katholisch oder reformiert – behielten das Recht, die Konfession in ihrem Herrschaftsgebiet zu bestimmen (cuius regio, eius religio) Die Kirchenspaltung in Deutschland war damit besiegelt. Und einmal mehr war eine Chance zur Versöhnung vertan. Diese hatte der Reformator Philipp Melanchthon (1497– 1560) bereits 1529 vorbereitet. Er verfasste ein Glaubensbekenntnis – die «Confessio Augustana». Darin betonte er vor allem das Gemeinsame. Es hätte eine Basis für Annäherungen sein können. Es blieb beim Konjunktiv.